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作物遺傳與種質創新國家重點實驗室
國家肉品質量安全控制工程技術研究中心
國家大豆改良中心
國家信息農業工程技術中心
農村土地資源利用與整治國家地方聯合工程研究中心（江蘇）
綠色農藥創制與應用技術國家地方聯合工程研究中心
國家有機類肥料工程技術研究中心（共建）
動物消化道營養國際聯合研究中心
中國-肯尼亞作物分子生物學“一帶一路”聯合實驗室
南京水稻種質資源國家野外科學觀測研究站
現代作物生產省部共建協同創新中心
南京農業大學豬鏈球菌病診斷國際參考實驗室
綠色農藥創制與應用技術國家地方聯合工程研究中心國家有機類肥料工程技術研究中心（共建）南京水稻種質資源國家野外科學觀測研究站現代作物生產省部共建協同創新中心南京農業大學豬鏈球菌病診斷國際參考實驗室